Głównym parametrem programu antywirusowego jest jego skuteczność w wykrywaniu i zwalczaniu szkodliwych programów.
Antywirus powinien dobrze sobie radzić zarówno ze znanymi wirusami jak i nieznanymi. Do pierwszego zadania wykorzystywane są bazy sygnatur wirusów (krótko: bazy wirusów), z którymi porównywane są sprawdzane obiekty i w przypadku stwierdzenia zgodności podejmowane są ustalone działania. Natomiast drugie zadanie realizowane jest obecnie najczęściej poprzez metody heurystyczne. Polegają one na przeprowadzeniu symulacji działania sprawdzanego kodu (np. pliku) i ocenie czy zawarte są w nim elementy typowe dla działalności wirusów (np. bezpośredni dostęp do dysku z pominięciem funkcji systemowych). Pewien problem stanowi ocena zagrożenia i konieczność podjęcia przez użytkownika ostatecznego werdyktu czy sprawdzany obiekt jest zainfekowany czy nie jest (ogromny problem szczególnie dla początkujących użytkowników). Reguły oceny algorytmów heurystycznych opracowują producenci programów antywirusowych i mogą się one znacznie różnić od siebie, jednak niezależnie od sposobu ich działania należy przyznać iż ich zastosowanie zwiększa skuteczność programu przynajmniej o kilka procent. W przyszłości obecne metody będą prawdopodobnie zastępowane przez coraz doskonalsze metody sztucznej inteligencji, które będą działały jak najbardziej automatycznie i jak najmniej angażowały użytkownika.
Przy ocenie skuteczności programów antywirusowych należy zwrócić uwagę także na rodzaj sprawdzanych obiektów. Im jest ich więcej tym lepiej, jednak szczególną uwagę należy zwrócić na obsługiwanie przez program używanego rodzaju obiektu (np. plików spakowanych ulubionym archiwizerem).
Wiele osób za punkt wyjścia w ocenie skuteczności bierze wyniki testów przeprowadzanych przez różne organizacje i magazyny komputerowe. Jest to dobre rozwiązanie, gdyż ciężko byłoby samemu dokonać takich testów, jednak trzeba pamiętać o okresowości tego typu testów, bowiem program który wykazuje się największą skutecznością w danej chwili po pewnym czasie może ustąpić pola innym programom. Dlatego też warto zwracać uwagę także na inne cechy programu, a przede wszystkim na jego dostosowanie do własnych potrzeb.