Program antywirusowy powinien być prosty w obsłudze oraz posiadać jak najprostszy interfejs. Użytkownik nie powinien zastanawiać się co do czego służy, a najlepiej gdyby program już podczas instalacji sam skonfigurował optymalnie swoje ustawienia. Nawet najskuteczniejszy w testach program może stracić swoje walory przy jego niewłaściwej konfiguracji. Dlatego też bardzo ważne jest jak najlepsze skonfigurowanie ustawień domyślnych przez producenta. Podniesienie alarmu przez program nie powinno dezorientować użytkownika. Powinien on mieć czytelnie wyświetlane instrukcje co do dalszego postępowania i to najlepiej w ojczystym języku.
Jak na razie swoją główną moc programy antywirusowe zawdzięczają bazom znanych wirusów, więc należy ją jak najczęściej uaktualniać. Aktualizacja polega na wgraniu odpowiednich plików przygotowanych przez producenta programu. Pliki te wgrywać można z dowolnego nośnika danych lub pobrać je z Internetu. Ta druga możliwość jest teraz najczęściej wykorzystywana. Programy zaopatrzone są w specjalną opcję, po wybraniu której łączą się z serwerem producenta lub dystrybutora, pobierają potrzebne pliki i dokonują automatycznej aktualizacji. W zależności od rozwiązania zastosowanego przez producenta aktualizacja może obejmować tylko bazy wirusowe lub bazy wraz z programem. Oczywistym jest, że to drugie rozwiązanie jest lepsze. Użytkownik włącza aktualizację i nie martwi się o nic więcej. Następna kwestia dotyczy sposobu aktualizacji baz: może to być cała baza lub jedynie różnica od ostatnio wydanego lub zainstalowanego uaktualnienia. Oba rozwiązania mają swoje wady i zalety: w pierwszym otrzymujemy całą aktualną bazę kosztem wielkości pliku (ważne dla modemowców gdzie liczy się każdy impuls spędzony w sieci), a w drugim są małe pliki jednak zawierają jedynie część całej bazy i należy posiadać wszystkie poprzednie aktualizacje. Istnieje także rozwiązanie pośrednie: w dłuższych przedziałach czasowych wydaje się większe aktualizacje (np. miesięcznie), a w krótszych częściowe (np. co tydzień).
Ważnym czynnikiem wpływającym na komfort obsługi jest szybkość pracy programów antywirusowych. Różnica w działaniu poszczególnych programów może wynosić nawet kilkaset procent (np. zamiast sprawdzać system w godzinę można tego dokonać w kwadrans za pomocą innego programu).
Program antywirusowy powinien w jak najmniejszym stopniu obciążać sprawdzany system, jednak w przypadku włączenia skanera zaleca się wyłączenie innych programów i nie przeprowadzanie innych operacji. Jeżeli instalowanych jest wiele różnych programów może wyniknąć konflikt między monitorami... i wówczas należy zdecydować się na jeden monitor.