Koszty wdrożenia systemu antywirusowego w niektórych sytuacjach mają priorytetowe znaczenie. Nie wolno zapominać o osobnych opłatach za ich aktualizację. Najczęściej cena samego programu obejmuje również możliwość aktualizacji programu przez określony czas (np. przez rok). Różni producenci różnie podchodzą do zagadnienia aktualizacji. Najczęściej są to okresowe abonamenty. Tylko niekiedy jest możliwość bezterminowego przeprowadzania aktualizacji lub do czasu pojawienia się nowej wersji programu (zmiana formatu plików baz).
Cena programu antywirusowego w wersji jednostanowiskowej (dla pojedynczego użytkownika) wynosi obecnie w granicach od kilkudziesięciu do kilkuset złotych. Czy jest to dużo czy mało to zależy od indywidualnych możliwości użytkownika jednak uwzględniając ceny innego rodzaju oprogramowania oraz korzyści jakie niesie posiadanie aktualnego programu antywirusowego kwota ta nie wydaje się wygórowana. Cena programu w wersji wielostanowiskowej (do pracy w sieciach komputerowych) jest zazwyczaj o rząd wielkości wyższa (zależy od liczby obsługiwanych stanowisk). Na dobrą sprawę należy zauważyć iż nie ma potrzeby nabywania za każdym razem coraz to nowych wersji programów, bowiem w większości przypadków nie wnoszą one konkretnych zmian poza zmianą interfejsu użytkownika...
Alternatywę stanowią bezpłatne programy antywirusowe (na szczęście jeszcze takie istnieją). Mimo, że w testach skuteczności (dane z ogólnodostępnych testów) i częstotliwości aktualizacji przegrywają one jak na razie (w przyszłości raczej to się nie zmieni) z komercyjnymi konkurentami warto się nimi zainteresować w przypadku braku jakiejkolwiek ochrony antywirusowej lub gdy rolę pierwszoplanową odgrywają koszty.
Pośrednim rozwiązaniem są tzw. skanery on-line. Są to skanery antywirusowe wykorzystujące do komunikacji z użytkownikiem przeglądarki internetowe. Kod takich programów pobierany jest z Internetu jednak później połączenie z siecią służy jedynie do aktualizacji i można z nich korzystać także off-line (bez połączenia z Internetem). Należy pamiętać, że jest to jedynie skaner i nie zapewnia on ciągłej ochrony systemu. Ich największą zaletą jest posiadanie aktualnej wersji (wystarczy się połączyć i dokonać szybkiej aktualizacji) i cena, gdyż w większości przypadków są one darmowe (jak na razie tylko nieliczni producenci pobierają opłaty za korzystanie z ich skanerów on-line). Nic nie ma jednak samych zalet, więc są i wady, a największą z nich jest ograniczona funkcjonalność takich skanerów. Najczęściej wersje on-line skanerów sprawdzają tylko wybrane rodzaje obiektów (np. tylko pliki wykonywalne) czemu nie należy zbytnio się dziwić, bowiem są one głównie wizytówką firmy i pokazem jej możliwości. Zdarzająsię jednak i skanery o pełnej funkcjonalności. Mimo szeregu wad i zalet tego rodzaju oprogramowania warto się nim zainteresować, a propozycja darmowego posiadania aktualnego skanera wydaje się bardzo kusząca.